Þegar Keflavíkurkirkja var reist færði Kvenfélagið Freyja af því tilefni nýtt harmóníumorgel.
Ein Freyjukvenna, Marta Valgerður Jónsdóttir, bauðst til þess að spila endurgjaldslaust í
kirkjunni fyrsta veturinn. Þannig varð hún fyrsti organisti Keflavíkurkirkju.

Friðrik Þorsteinsson tók við starfi organista af Mörtu Valgerði. Þegar hann hafði gegnt starfinu
í fimm ár var orgelið selt. Í kjölfar var nýtt og stærra orgel keypt fyrir Keflavíkurkirkju.
Orgelið þjónaði sínu hlutverki fram til 1952 þegar enskt rafmagnsorgel var vígt. Það þótti mikil
bylting að fá 11 radda orgel sem hafði tvö spilaborð og pedal.

Siguróli Geirsson tók við stöðu organista af föður sínum 1977. Aðrir organistar voru Einar Örn Einarsson, Hákon Leifsson og Arnór Vilbergsson sem leiddi vinnu við nýtt hljóðfæri 2020.

Geir Þórarinsson tók við organistastarfi af Friðriki 1964. Geir hafði þá verið organisti í
Njarðvíkurkirkju frá 1960. Að hans undirlagi keypt nýtt sex radda pípuorgel 1963.
Á 50 ára vígsluafmæli Keflavíkurkirkju bárust gjafir í orgelsjóð. Í kjölfar var Systrafélag
Keflavíkurkirkju stofnað sem lét það verða sitt fyrsta verk að safna í orgelsjóð.
Við stækkun og breytingu Keflavíkurkirkju 1965 – 1967 var gert ráð fyrir stærra pípuorgeli.
Kórloftið sem var úr timbri var rifið. Nýtt og stærra kórloft var steypt til þess að rúma komandi
orgel. Fyrir valinu varð 16 radda Walcker orgel líkt og í Njarðvíkurkirkju. Orgelið var vígt til
notkunnar í Keflavíkurkirkju við lok endurbóta á kirkjuskipi 1967.

Orgelsjóður var á ný stofnaður 1995 í minningu Árna Vigúsar Árnasonar, fyrrum formanns
sóknarnefndar. Þá er ljóst að kominn var tími á nýtt orgel. Lagt var í átak 2011 þar sem lítið
var til í orgelsjóð. Eftir veglega minningargjöf til Keflavíkurkirkju, undirritar sóknarnefnd
samning við Björgvin Tómasson orgelsmið um smíði á nýju hljóðfæri. Nýtt og veglegt 25
radda pípuorgel auk með snjalltækni, sem býður upp á fjölbreyttari möguleika er tekið í
notkun 2020.

Með nýja orgelinu lauk endurbótum á Keflavíkurkirkju sem hófust árið 2012.